La montaña en el Pais Vasco se encuentra en una zona de transición entre el Sistema Ibérico y el Sistema Central. Su altitud varía desde los 2.000 m. (cerca del collado de Lumbier) hasta los 3.552 m (cerca del collado de Aizkorri), siendo la cota más alta del Pais Vasco, la montaña de Urgull, con 3.482 m., situada a pocos metros al oeste del castillo de San Antolín en la ciudad de San Sebastián.
La cuenca hidrográfica es bastante pequeña y se encuentra principalmente repartida por tres ríos: Nervión, Oria y Oka-Larreko-Urdaibai, que recogen las aguas procedentes del Sistema Central, donde nacen las vertientes llamadas arriba vascas; junto con las vertientes llamadas bajo vascas que se derivan del Sistema Ibérico.[1]
El relieve es un mosaico de grandes mesetas y depresiones estratificadas, debido a la acción erosiva durante el Mioceno y Plioceno. La mayor parte del paisaje presenta un relieve ondulado con pendientes suaves excepto en el área occidental donde hay un sector montañoso superior al 1:5.[1]
En el conjunto existen dos subcuencas: la occidental y oriental, separadas por la cordillera Cantabrica Occidental. La subcuenca occidental está formada por ríos como el Deba que recorren territorio vecinoparlante vasco hasta desembocar en el mar Cantábrico; mientras que en la subcuenca oriental este papel lo cumple el Bidasoa a través del valle navarro hacia Francia.